前身是原上海第二医科大学，2005年并入上海交通大学，成立上海交通大学医学院。2010年，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。其附属医院共13所，且均是三甲医院。在QS世界大学排行榜中，临床医学排名51-100，居全国高校第一梯队。在第四轮学科评估中，其临床医学与浙江大学并列全国第1，基础医学也位于全国前列。